Este es un relato de hace mucho, mucho tiempo. Es una historia sobre los primeros moradores de esta tierra.
En los primeros albores, la gente adoraba a los espíritus del bien y todo era paz y armonía. Pero esta era de paz pronto llegaría a un final.
El malvado Rey Demonio se alzó con el poder, destruyendo todo a su paso. Los espíritus del bien no tuvieron más opción que enfrentarse a él en batalla.
La guerra que siguió parecía durar una eternidad y mucha sangre fue derramada.
Finalmente, los espíritus sometieron al Rey Demonio, y aunque no pudieron destruirlo, sus poderes fueron enormemente reducidos.
Con el poder que les restaba, los espíritus enterraron el espíritu del Rey Demonio en la tierra. Construyeron grilletes para encadenarlo, y una torre que servía como cerrojo de esas cadenas.
Estos grilletes cubren la tierra hoy en día.
En un pacífico pueblo en el campo vive un joven llamado Link. Es un aprendiz que está a punto de convertirse en maquinista.
En el día de su graduación, el joven se dirige al castillo para recibir su certificado de la soberana del reino, la princesa Zelda. En una reunión secreta después de la ceremonia, Zelda le habla acerca de las repentinas desapariciones de los Raíles de los Espíritus (Spirit Tracks) que cubren el reino, así como otros extraños sucesos. Para llegar al fondo de este misterio, la princesa pide a Link que le lleve a la Torre de los Espíritus.
En el camino hacia la torre, Link y Zelda se encuentran con el ministro Cole. Usando magia negra, Cole separa el cuerpo de la princesa Zelda de su espíritu y le roba su cuerpo. En su forma espectral, Zelda y Link acaban llegando a la torre. Una vez que llegan hasta allá, se encuentran con la sabia Lokomo Anjean, que les cuenta que si todos los Raíles de los Espíritus (Spirit Tracks) desaparecen, el Rey Demonio que se halla encarcelado será liberado.
Ahora Zelda y Link deben embarcarse en un viaje para recuperar el cuerpo de Zelda y salvar el reino de la perdición.
