Nuevamente Miyamoto toma la oportunidad de reafirmar en su conferencia de prensa post E3, que este título de la saga abarcara la creación u origen de la susodicha Espada Maestra o Master Sword.
El juego toma inicio en Skyloft en donde tomaremos el mando de uno de sus habitantes, (por supuesto, como en todo los demás juegos de la franquicia TLOZ) estamos hablando de Link, quien en conmemoración al día festivo de las grandes aves que habitan en Skyloft, tiene que participar en un evento especial relevante a estas enormes criaturas plumíferas.
Este evento consiste en montar a tu gran ave y tratar de conseguir una estatuilla con forma de "ave" que se encuentra en las garras de otra de estas avesotas, pero mucho más pequeña en comparación a la que montamos, pero de bastante velocidad. Tras este evento sucede algo muy trágico, tanto para los habitantes de Skyloft como para Link, quien ve como su amiga Zelda es emboscada por un tornado y luego tragada por una gigantesca criatura con forma de ballena. He ahí cuando nuestro héroe se desmaya y tiene contacto con el espíritu de la Skyward Sword, quien aparentemente lo salva y le ofrece brindarle su ayuda a Link.
Es entonces como este decide ponerse en acción de rescate y descender a la tierra desconocida (Hyrule) debajo de Skyloft e ir en busca de su amiga Zelda.
