Quizás no son los mas difíciles de toda la serie por que en muchas guías de otros juegos podrás ver como derrotarlos ya que la mayoría ya han salido en otros juegos en especial de A link to the Past pero eso no quita que algunos sean bastante trabajosos o complicados, sobre todo por que se derrotan de diferente forma si juegas solo o acompañado.

Shadow Ganon
Jugando solo: Solo tienes que regresarle sus ataques y el a su vez te los regresara a ti pero mas rápido para que tu se lo devuelvas. Este ciclo se repetirá hasta que alguno de los falle en su intento de regresar su ataque.
Jugando acompañado: Te lanzara una bola de energía de color verde, así el Link verde tendrá que golpearlo para convertir esa bola de energía de color rojo y así el Link rojo tendrá que golpear la energía para que vuelva a cambiar de color al Link que sigue para que al final le llegue a la sombra de Ganon y este empiece de nuevo todo el circulo. Deben de ser paciente todos los jugadores por que si uno falla tendrán que empezar de nuevo todo haciendo algo muy complicado.

Stone Arrghus
Jugando solo: Tirate en uno de los agujeros que encontraras donde esta este enemigo para que tengas el boomerang, con este quitale las pequeñas rocas que están alrededor de este enemigo para después golpearlas con la espada para al final dejar a la roca de en medio para que la ataques también con tu espada para derrotarlo, no es muy difícil pero debes tener cuidado de sus embestidas que hace.
Jugando acompañado: No hay cambios.

Helmarock King
Jugando solo: Solo espera a que pase volando para arrojarle una bomba y con esto se estrelle en contra de una de las pequeñas montañas que ahí están, en ese momento corre para golpearle la cabeza desde dentro de la montaña. Después de varias veces golpearlo lograras romperle el casco y con esto cambiara de táctica atacando mas rápido pero no es muy diferente por que solo debes arrojarle la bomba y rápidamente cambiar a la formación horizontal para vencerlo mas fácilmente.
Jugando acompañado: Tendrán que dividirse uno atacando afuera y otro adentro por que en este modo de juego saldrá mucho mas rápido que de forma solitaria. Por el resto es igual.

Dodongos
Jugando solo: Solo tienes que hacer lo mismo que cualquier juego de Zelda anterior por que se mata tomando una bomba y arrojandosela cuando abra la boca, teniendo cuidado del fuego que lanza.
Jugando acompañado: No hay cambios.

Big Poe
Jugando solo: Primero enciende las cuatro antorchas para que se haga vulnerable este enemigo para después golpearlo con tu espada, así provocaras que se enoje y te trague, al hacer esto veras un pequeño enemigo dentro de su estómago que tendrás que golpear con tu espada y tras esto te dejara salir para dejarte listo para repetir lo anterior.
Jugando acompañado: Solo cambia que atacara a una persona diferente cada vez que vaya a comerse a alguien por el resto es lo mismo.

Shadow Ganon
Jugando solo: Este chico viene por la venganza pero no viene solo ya que trae a tres amigos iguales a el para atacarte. La forma para vencerlo es la misma, solo tienes que cuidarte de sus clones por que estorban bastante al regresarle sus ataques.
Jugando acompañado: Quizás es mas sencillo por que cada sombra atacara al mismo tiempo a cada Link por lo que ya no importa tanto que te enojes por que se equivoque tu compañero, bueno un poco necesitas preocuparte por que aveces utilizara ese ataque solo que mas rápido que la vez anterior y al fallar saldrán varias bolas de energía que te lastimaran.

Big Moldorm
Jugando solo: Un jefe también traído de series pasadas y por lo mismo sencillo por que debe de darle el Link del color en la cola para que cada vez se haga mas rápido he intente tirarte pero si lo hace no te preocupes por que llegaras a otra habitación donde podrás regresar rápidamente a continuar atacandolo.
Jugando acompañado: No hay cambios.

Frostare
Jugando solo: Al parecer ningún daño le hace a este enemigo en forma de ojo pero si te fijas hay varios cuartos, entra en el de la parte superior izquierda para que encuentres un pequeño enemigo rojo, vencelo. Ahora ese enemigo saldrá y se montara en el ojo y ya podrás realizarle todo el daño que quieras.
Jugando acompañado: No hay cambios.

Vaati
Jugando solo: Es muy sencillo ya que debes de lanzarle bombas casi cuando vayan a explotar para que estas suban por el remolino y le peguen. Después ya no tendrá su remolino y tendrás que arrojarte en el agujero de en medio de esta habitación para que descubras que en verdad es un cañon que utilizando su fuerza podrás caer fuerte sobre Vaati y así en poco tiempo vencerla.
Jugando acompañado: Es muy complicado por que el comienzo es igual, lanzar bombas en el remolino para que le exploten pero después necesitan coordinarse los jugadores por que Vaati subirá y bajara en ambos cuartos que tiene esta habitación rápidamente Después de esto tendrán que coordinarse de nuevo, uno con el cañon y otro golpeándolo de forma normal. Es desde mi punto de vista muy complicado jugando acompañado, uno de los enemigo mas difíciles de la serie.

Ganon
Jugando solo: Tiene tres fases este enemigo por lo que necesitas cambiar tu estrategia. Primero tendrás que golpearlo con tu espada hasta que Ganon tome el tridente y lance rayos para enviarte al Mundo Obscuro, trata de evitar los rayos moviente rápido pero si te tocan tocara pelear con varios stallfos y cuando los venzas ya podrás regresar. Después de hacer varias veces lo anterior utilizara otra táctica que es intercambiar tu lugar con el suyo, si juegas entre varios esto es muy complicado por que todos cambian. Tras golpearlo varias veces Zelda aparece y tratara de hacer una bola de energía para encerrar a Ganon por lo que debes de protegerla, en ese momento Ganon atacara con esferas de energía que necesitas refrescárselas con el poder de la espada. Cuando Zelda termine lanzara la esfera y tendrás que golpear tu esa esfera con una flecha y así encerrar a tu peor enemigo.
Jugando acompañado: Es muy parecido a jugar solo pero aquí tiene mas nivel de dificultad por que cuando cambie el lugar lo hará con todos, lo que confundirá bastante y cuando Ganon lance las esferas verdes después lanzara otras de color rojo y así consecutivamente de cada Link por lo que debe cada Link regresarlo y el resto esquivarlo.