Nombre	Calabozo	Como Derrotarlo
Giant Ghini	Spirit Dungeon Mini Boss	Lo único que tienes que hacer es atacar con la espada a los mini-ghini que se encuentran girando alrededor del grande. Cuando los hayas derrotado, ataca al grande. Después de unos cuantos golpes, lo habrás derrotado.
Pumpkin Head	Spirit Dungeon Boss	Lo primero que debes hacer es atacar con la espada al jefe. Cuando sólo quede la cabeza, cárgala con el Power Bracelet y aviéntala al pequeño fantasma unas cuantas veces hasta que lo derrotes.
Swoop	Dungeon of Wings Mini Boss	Ten cuidado con los hoyos que causa en el piso. Cuando veas que se eleva, alejate para que no te caiga encima y cuando esté en el piso, atácalo lo más que puedas con la espada. Posteriormente, comenzará a rebotar en el piso. Cuando esté quieto, atácalo con la espada. Después de unos 10 espadazos, lo derrotarás.
Head Thwomp	Dungeon of Wings Boss	Antes de entrar con el jefe, equipa las Bombas y la Roc's Feather. Lo que tienes que hacer para derrotarlo es lanzarle bombas cuando muestre la cara de color rojo. Para esto, párate en los bloques superiores y calcula el tiempo para que caiga cuando esté roja la cara (más o menos cuando muestre la cara azul). Si dañas la roja, además de causarle daño podrás tomar un corazón. Cuando lanze bombas, tómalas para que recargues las bombas. Para protegerte de sus múltiples ataques, párate en los bloques de enmedio que están a los lados. Para derrotarlo, tienes que dañar la cara roja 4 veces.
Subterror	Moonlight Shrine Mini Boss	Este es uno de los mini jefes más fáciles. Cuando esté debajo de la tierra y se mueva hacia tí, sácalo usando la Shovel y atácalo con la espada. Unos cuantos golpes y bastará para derrotar a este jefe.
Shadow Hag	Moonlight Shrine Boss	Equipa el Seed Shooter. Para dañarla, cuando que se materialize, dále la espalda y dispara una semilla hacia la pared para que rebote y le dé a Shadow Hag. Después de unos 6 semillazos, la derrotarás.
Armos Warrior	Skull Dungeon Mini Boss	Armos Knight tiene un escudo que lo defiende de cualquier cosa. Entonces, qué se puede hacer para derrotarlo? Cuando te lanze su espada, ve hacia el mini jefe para que su propia espada lo dañe. Repite la operación 3 veces para que se rompa su escudo. Ahora que ya no tiene defensa, puedes atacarlo con tu espada hasta derrotarlo.
Eyesoar	Skull dungeon Boss	Para derrotarlo, equipa el Switch Hook. Cuando veas el camino libre, usa el Switch Hook para que te intercambies con el jefe mientras esté volteado, atácalo lo más que puedas. Repite la operación hasta que lo hayas derrotado. .
Smasher	Crown Dungeon Mini Boss	Lo que debes hacer es cargar la bola de metal del piso y aventársela a Smasher antes de que desaparezca. Obviamente, debes traer equipado el Power Bracelet. Después de que lo dañes unas cuantas veces, La victoria será tuya.
Smog	Crown Dungeon Boss	Esta batalla es de estrategia más que nada. Debes traer equipado el Cane of Somaria y la espada. Para un poco más de ayuda, lleva equipado el Green Holy Ring (para en caso de que te tocque cuando ya esté formado). Lo que debes hacer a lo largo de las cuatro fases es tratar de juntar las nubecitas con ayuda del Cane of Somaria. Puedes detener un poco las nubecitas dándoles de espadazos para que así de junten. Cuando ya estén juntas todas las nubes, dále tres veces al jefe para que pase a su siguiente fase. Si presionas el switch de la esquina superior izquierda, se reseta esa fase y comnezarás de nuevo con la fase. En realidad, es fácil no ser dañado, lo que es difícil es juntar a las nubes. Fase 1.- Coloca un bloque entre los grupos de bloques y luego detén a una de las nubes para que se junte con la otra. Fase 2.- Una de las fases más difíciles. Primero coloca un bloque un cuadro a la izquierda abajo del par de bloques. Detén a las nubes para que se junten. Ahora, cuando la otra nube se encuentre girando a la derecha de la tercia de bloques que se encuentra a la izquierda, coloca dos bloques seguidos entre las dos tercias para que se junten. Recuerda que tu puedes detener a las nubecitas e incluso a la que se forma cuando dos se unen en caso de que sean tres las que debes unir). Fase 3.- Otra fase un poco difícil. Pon 2 bloques a la izquierda y derecha de las tercias de bloques para que una nube se quede girando enmedio. Acerca a la otra para que se unan y puedas dañar al jefe. Fase 4.- Primero, empuja el bloque solitario de la derecha hacia abajo un lugar para que dos nubes se junten solas. Ahora, coloca bloques de tal manera de que la otra se junte con la grande. Como ayuda, coloca bloques entre los diversos grupos de bloques. Una vez que hayas derrotado al jefe en esta fase, lo habrás derrotado.
Vire	Mermaid's Cave Mini Boss	Para derrotar a Vire es atacarlo conn la espada cuando se te acerque. Cuando haya recibido suficientes golpes, se convertirás en dos Skull Keese. Derrótalos y habrás vencido a Vire.
Octogon	Mermaid's Cave Boss	Primero, ve al la plataforma de enmedio. Cuando te muestre la parte que no está protegida por una concha, atácalo con la espada para que se sumerja. Sumérgete también y atácalo con la espada o con semillas. En caso de que se suba a la superficie, repite la operación hasta derrotarlo.
Angler Fish	Jabu-Jabu's Stomach Mini Boss	Para derrotarlo, sólo mantente a una distancia segura con la Roc's Feather, y atácalo con la espada hasta que lo venzas. Para que lo puedas matar más rápido, primero lánzale una semilla y lúego atácalo con la espada.
Plasmarine	Jabu-Jabu's Stomach Boss	Uno de los jefes más fáciles. Para derrotarlo, lo único que debes hacer es usar el Switch Hook en él cuando te lance una bola de energía del mismo color que él para que sea dañado por sus propios poderes. Repite esto hasta que logres vencerlo.
Blue Stalfos	Ancient Grave Mini Boss	Para derrotarlo, rebótale sus ataques con la espada para que lo dañen y lo conviertan en un Skull Keese. repite la operación hasta que lo derrotes. En caso de que no puedas rebotarle sus ataques, huye de ellos ya que te combertirán en bebe y tu Status baja notablemente.
Ramrock	Ancient Grave Boss	Fase 1.- Cuando te lanze sus manos, rebótaselas con la espada para que le peguen. Repite esto unas 3 veces hasta derrotarlo. Fase 2.- Para derrotar a esta fase del jefe, lo que debes hacer es colocar bombas entre sus manos para que le exploten cuando las cierre. Trata de ser muy preciso para que no desperdicies muchas bombas. Fase 3.- Debido a la máscara que tiene, no lo puedes atacar directamente. Por lo tanto, usa el Seed Shooter para pegarle por atrás. Como recomendación, lánza las semillas de forma diagonal para que lo dañes más facilmente. Fase 4.- Cuando te lanze una de las bolas de metal, jala la otra usando el Power Glove lo más que puedas y suéltala antes de que te ataque. Repite la operación 3 veces y habrás vencido al último jefe de todos los niveles.
Veran's First Form	Tower of Darkness Boss	La primera fase de Veran es muy fácil ya que todavía está dentro del cuerpo de la Reina Ambi. Para derrotarla, sigue la misma estrategia que seguiste para derrotarla cuando estaba en poseción de Nayru. Primero, lánzale una Mystery Seed, luego usa el Switch Hook y atácala con la espada. Repite esto tres veces y la habrás derrotado temporalmente. En su siguiente fase, Veran estará convertida en una hada. Para derrotarla, lo único que debes hacer es atacarla con la espada constantemente. Cuidate de los Dark Link que aparecen. Tambien puedes darle semillazos para derrotarla.
Veran	Tower of Darkness Boss	La fase final de Veran. En esta fase, Veran se convertirá en varias cosas. Cuando se convierta en tortuga, espera a que muestre su cabeza esquivando sus ataques y atácala con la espada lo más que puedas, que para este punto ya debe ser la nivel dos. Cuando se convierta en araña, lánzale una bomba y cuando le explote, atácala con la espada lo más que puedas. Cuando sea una abeja, atácala con la espada o con semillas. Después de varios golpes en cada una de sus formas, habrás acabado con Veran y te harás acreedor del final del juego.