Nombre	Calabozo	Como Derrotarlo
Twin-Goryas	Root Dungeon Mini Boss	Este subjefe es muy fácil. Sólo enfoca tus ataques al minotauro que no tenga el boomerang hasta que lo derrotes. Con que derrotes a uno basta. Sólo ten cuidado de que no te pongas entre ellos para que no te peguen con el boomerang.
Aquamentus	Root Dungeon Boss	Para este jefe lo que debes hacer es esquivarlo y atacaro constantemente en el cuerno. Después de unos 15 golpes, lo habrás vencido.
Facade	Snake Remains Mini Boss	Un jefe que apareción en Link's Awakening. Es más, sigue la misma estrategia. Para derrotarlo, sólo lánzale bombas para dañarlo. La forma más segura para que le caigan las bombas antes de que explote es cuando te lanza llamas. Sólo lánzale una bomba mientras esquivas sus ataques. Este jefe también te lo encuentras en el castillo de Onox (en caso de que cuentes con Bombchu, es más fácil derrotarlo).
Dodongo	Snake Remains Boss	Otro jefe tomado de versiones anteriores. Lánzale una bomba a su boca cuando la abra. Cuando le explote y se ponga inflado, cárgalo con el Power Bracelet y lánzalo hacia el área de picos del centro, teniendo cuidado de no dañarte. Repite la operación hasta derrotarlo.
Squiddies	Poison Fang Grotto Mini Boss	Para derrotar a estos molestos gusanos, cuando aparezca la cabeza de uno de los gusanos, cárgalo con el Power Bracelet y avientalo contra una esquina y dale todos los espadazos que puedas. Unos 4 espadazos por gusano bastarán para derrotarlos.
Mothula	Poison Fang Grotto Boss	Este jefe es muy fácil. Incluso lo puedes derrotar sin que te baje más de 2 corazones. Sólo brica constantemente entre los bloques de enmedio y atácalo con la espada en cuanto se te acerque. En algunas ocasiones, soltará corazones para que te recuperes. En cuanto a sus ataques, esquívalos.
Agahnim	Dragon Dance Dungeon Mini Boss	Primero asegurate de tener muchas Ember Seeds. En cuanto entres, prende las antorchas y ataca al mago que tenga sombra. Repite la operación unas 7 veces y derrotarás a Agahnim.
Ghoma	Dragon Dance Dungeon Boss	Primero ataca su pinza con la espada hasta que se la destruyas. Ten cuidado de no ser agarrado por su pinza ya que te causará mucho daño. Ya que ya no tenga su pinza, arrojale semillas con el Slingshot cuando habra su ojo hasta derrotarlo.
Syger	Unicorn Cave Mini Boss	Para derrotarlo, esquivalo cuando se haga bola y atácalo en la esfera que tiene en la cola hasta que lo elimines. Cuando el te ataque utiliza el Rock Feater para inutilizar sus ataques.
Digdogger	Unicorn Cave Boss	Carga los Magnetic Gloves y usa la esfera que se encuentra en el cuarto para atacar a Digdogger. Cuando se destruya para formar a muchos mini digdoggers, usa la misma operación para destruirlos. En caso de que se regenere, usa la misma técnica hasta derrotarlo.
Vire	Ancient Ruins Mini Boss	Sólo atácalo con la espada en cuanto se te acerque. LLegará un momento en que se convierta en 2 Skull Keese. Sólo destrúyelos para poder vencer a este sub jefe.
Manhandla	Ancient Ruins Boss	Cuando sus "plantas carnívoras" estén abiertas, pégales con el Magic Boomerang hasta que se destruyan. Cuando hayas destruido las 4, sigue usando el Magic Boomerang en la base del jefe hasta que muestre su núcleo, al cual le debes dar un espadazo para que hayas vencido a este jefe. Ten cuidado con el piso, ya que se encuentra lleno de arenas movedizas. De preferencia no dejes de moverte, a menos de que te encuentres en un lugar muy seguro.
Two Poes	Adventurer's Tomb Mini Boss	Para eliminar a estos molestos fantasmas, primero y más importante, debes mantener las antorchas encendidas con Ember Seeds. Mientras estén encendidas, atácalos con la espada. Nunca dejes que apaguen las 4 antorchas ya que si lo hacen serás mandado de regreso al inicio del nivel. Después de unos 6 espadazos cada uno, los habrás vencido.
Gleeok	Adventurer's Tomb Boss	Usa la espada en sus cabezas hasta que Gleeok se convierta en un esqueleto. Ya que este de esta forma, continua atacando con la espada y usa la Roc's Cape cuando golpee el piso. Después de unos 8 espadazos (con la Noble Sword que ya debes de traer en estos momentos), habrás vencido al 7º jefe.
Frypolar	Underworld Dungeon Mini Boss	En esta pelea deberás tener el Hyper Slingshot y el Brazalete equipados. Este jefe empezará en su forma de hielo. Dispara una Mystery Seed al bloque de hielo con el que te ataca y luego dispara otra hacia Frypolar. Ya que esté en su forma de fuego, carga el bloque al que le disparaste la Mystery Seed y aviéntaselo. Repite la operación hasta derrotarlo.
Medusa Head	Underworld Dungeon	Para este jefe lo que tienes que hacer es atacarlo con la espada todo lo que puedas y en cuanto puedas. Puedes usar la Roc's cape para esquivar sus múltiples ataques y Pegasus Seeds para pararlo por un instante y que quede a mercer de tus espadazos. Después de múltiples ataques, habrás vencido al último jefe de los niveles.
Onox	Tower of Darkness Boss	En esta primera fase, ataca a Onox con ataques giratorios, mientras esquivas sus ataques. Después de 7 ataques, usará a Din como escudo. Usa el Rod of Seasons para mandarla lejos y atáca a Onox con ataques giratorios. Repite esta operación para derrotar a la primera fase de Onox.
Onox's Final Form	Tower of Darkness Boss	Tranquilo, que esta fase puede resultar muy desesperante. En esta ocasión, Onox estará convertido en un Dragón. Para eliminarlo, lo que debes hacer es saltar a su mano cuando trate de aplastarte. Cuando esté en lo más alto, salta hacia la cabeza y atácala con la espada. debes ser muy preciso o te pasarás de largo. Si tienes suerte, puede que caigas en la otra mano por lo que tendrás otra oportunidad de atacarlo. Ten cuidado con sus ataques y despues de unos 15 espadazos en la cabeza, habrás derrotado al jefe final del juego y podrás ver el final del mismo.